La chiesa fu fondata da Bartolomeo Di Capua nel 1327 e divenne luogo di culto per la Corporazione dei Pipernieri, Frabbicatori e Tagliamonti che proprio a Santa Lucia affidavano la protezione della vista, messa a rischio dal proprio mestiere. Salvata e recuperata grazie al lavoro dell'Associazione Respiriamo Arte oggi è di nuovo fruibile. Nel cimitero sotterraneo della chiesa, tra tanti teschi, è custodito il famoso "Teschio con le Orecchie", espressione del culto delle Anime del Purgatorio, dette "Pezzentelle". Un teschio particolare a cui i napoletani rivolgevano le proprie preghiere, nella speranza che ascoltandole, le portasse direttamente nell'aldilà: un vero e proprio messaggero tra il mondo dei vivi e dei morti.